百岁宫始建于明代。万历年间明代高僧海（玉字无瑕）从五台山到此结茅禅修，取庵名“摘星庵”。禅住期间，海玉以黄精、丹参等野生植物为食，并刺舌血拌和金粉，抄写《大方广佛华严经》。费时２０余年，抄完经书８１卷。天启三年（１６２３）九月十四日，１１０岁的海玉自知时至，召集徒众告别，并拈一偈：“老叟形骸百余年，幻身枯瘦法身肥。岸头迹失魔边事，洞口言来格外机。天上星辰高可摘，世间人境远相离。客来问我归何处，腊尽春回尽见梅。”言毕，安详而逝，其肉身后被装金供养于亭塔内。崇祯三年（１６３０）毅宗皇帝尊其为大菩萨化身、地藏菩萨应世，敕封其为“应身菩萨”，并题额“为善为宝”，赐海玉肉身塔名“莲花宝藏”，修建万年禅寺。同年海玉徒弟慧广主持戒堂，立方丈，安单接众，寺名“百岁宫”。
数百年来，百岁宫历经战火。清康熙五十六年（１７１７）百岁宫毁于火灾，六十年（１７２１）重建。道光年间重修、扩建百岁宫，并将其更名为“万年禅寺”，使百岁宫成为“十方丛林”。咸丰三年（１８５３）百岁宫毁于兵火。光绪五年（１８７９）重建，光绪末年再次遭火，因扑灭及时，海玉肉身，明、清帝王所赐金章、玉印以及海玉抄写的《血经》等完好无损。民国时，百岁宫为九华山七大丛林之一。１９１７年北洋军阀政府总统黎元洪赠额“护国万年禅寺”，并题竖匾“敕建万年寺，钦赐百岁宫”。１９１７年、１９３２年百岁宫两次开坛传戒。开坛传戒期间，香客云集，鼓乐震天，经声佛号，为一时之盛。
新中国成立后，百岁宫得到及时保护。但在文化大革命期间，随着九华山佛教界５尊肉身先后被毁，百岁宫海玉肉身亦朝夕难保。为保护海玉肉身，惟能、普光、悟广等３位僧人冒着风险将其移至百岁宫龙头石下的地窖中，盖上麻石条，外用柴草杂物遮蔽。１９７７年１０月，埋藏了十余年的“应身菩萨”终于被移出地窖，肉身依然完好。１９８２年九华山管理处重修百岁宫，１９８３年重塑佛像，重新为海玉肉身上漆、贴金。
现存百岁宫建筑面积２９８７平方米，为清代民居式建筑，寺与周围峰、石、洞融为一体，殿宇与山体有机结合，巧夺天工，为九华山古建筑的代表。其中五百罗汉堂供奉五百罗汉群雕像，各有名号，姿态万千，为九华山著名人文景观。
