莫高窟属全国重点文物保护单位。敦煌是库姆塔格沙漠边的一块绿洲，在莫高窟西边几公里处，高达170米的巨型沙丘的沙粒一直向莫高窟移动。早在上个世纪20年代，沙粒就已进入洞窟，但却被忽视了40多年。“莫高窟一直遭受沙害的威胁，如果没有恰当得力的措施，将会被流沙完全掩埋。”中科院寒旱所研究员屈建军说。
为防治沙害、进一步阻止沙丘推进，盖蒂保护研究所和中科院寒旱所于上个世纪90年代中期就进行了合作，在莫高窟与鸣沙山之间种植植物进行防沙，并在窟顶崖边设置了4700米的尼龙防风栅栏。现在，屈建军和他的同事们在窟顶沙地上设置了不同大小石块覆盖的方格，进行砾石覆盖阻止风沙流试验。试验显示，崖边风蚀减少，落下崖边和落入洞窟的沙量降低了60%。目前，该联合研究已将注意力转向保护莫高窟艺术品的技术、景点规划和管理上。
据屈建军介绍，莫高窟目前依然宏伟壮观，但几个世纪以来，各种破坏降低了莫高窟的庄严，人为因素是其中一方面。600多年前，这个佛教圣地衰落后，部分雕塑遭到盗窃破坏。另外，自然因素也是莫高窟遭受破坏的原因之一。莫高窟上下五层洞窟，都开凿在受冰川融水补给的大泉河西岸，上个世纪60年代修筑堤坝之前，春季冰雪融水形成的洪水偶尔进入底层洞窟，也破坏了部分壁画。
据悉，我国正在发起新的洞窟保护计划。今年年初，国家发改委审批了一项3800万美元的工程项目，来保护莫高窟脆弱的艺术作品免受地下水盐质化、游客的呼吸及其身体的热量散失和移动沙丘对莫高窟的危害。为进一步研究莫高窟风沙危害机理，2007年，中科院寒旱所又在敦煌建立了敦煌戈壁荒漠生态与环境研究站，由屈建军担任第一任站长。
