清凉寺始建于唐代中和四年（公元８８４年），是汉传佛教禅宗中的法眼宗的发源地。法眼宗为南唐高僧文益禅师所创，因文益圆寂后得谥“大法眼禅师”而得名。法眼宗在禅宗中对佛教经典尤为看重，并以熔铸经典义理而形成自己的宗风特色，其禅学思想及理论在中国佛教史上具有较高地位和价值，影响远及日本、韩国及东南亚地区。
清凉寺住持理海法师表示，清凉寺是南京历史最悠久的古刹之一，佛教中相传为文殊菩萨道场。但建寺以来，历遭毁废。明代洪武３５年（公元１４０３年），明成祖朱棣重修，并题额“清凉禅寺”，法眼宗也在明代达到鼎盛时期。太平天国时期，清凉寺毁坏。到恢复重建前，仅存殿堂一座、瓦房５间，且年久失修。
理海法师介绍，目前清凉寺殿堂已修缮一新，正式对外开放；未来还将规划修建一座标志性的弘法建筑－－多宝阁，展示清凉寺佛教文化。他表示，希望海内外信众能踊跃捐献清凉寺流失的文物法器以及与清凉寺、法眼宗有关的各类文物、文献等。
