丈卡寺是依山而建的寺院，现有僧众一百八十多人。大殿面向东方，内供莲花生大师观世音菩萨无量光佛等塑像。可容纳二百多僧众念经。寺内珍藏许多珍贵的佛像唐卡经书。寺院四周依山建有近百处闭关房，这些房屋都是由僧人的家人帮助修建的。
寺院的学修有完整的轨则。一般僧众于出家后，最初三五年的时间随经师学习经文，全部经文要求背诵，同时学习法器使用、供品制作、绘画等基本技能。而后根据个人意愿去各佛学院进修或闭关修行。关房中常年都有二三十位喇嘛在作短期闭关。因为按照规定，许多经文要经闭关修行后才能上殿去念诵。寺内僧职采取轮职，三年一换。法会期间有堪布讲经和上师传法灌顶。
丈卡寺大殿
格勒仁波切从一九九七年回丈卡寺坐床后，他将信众供养的大部分财物都用于丈卡寺的建设。按前世阿贡活佛的设计式样重修了三楼住房，修缮了大殿，新增了水井，添置了不少寺院所需的设施。每次法会中对僧众的供养也大多由他予以提供。他还采购了发电机，法会期间为僧众和当地群众播放佛法方面的资料。
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丈卡寺保存一千多年的唐卡
第一世阿贡活佛修建的水井
